Muzeum posługuje się dwiema nazwami. Muzeum Walki Macedońskiej jest zbyt ogólne i dla zagranicznych turystów może być interpretowane na wiele sposobów. Bardziej dokładną nazwą jest “Muzeum walki macedońskiej o państwowość i niepodległość”.
Misją Muzeum Walki Macedońskiej jest przedstawienie rewolucyjnych tradycji Macedończyków w ich wielowiekowej walce o utworzenie niepodległego państwa.

Osią narracji muzeum jest nieustająca walka o niepodległość, przedstawiona w formie trzynastu stałych wystaw, począwszy od czasów osmańskich, na komunistycznym epizodzie Jugosławii kończąc.

Jest to opowieść o niezwykłej determinacji - przedstawia trzynaście okresów walki powstańczej. Poznajemy je poruszając się wzdłuż wyznaczonego szlaku obejmującego dwie kondygnacje.

Już przy wejściu zobaczymy ekspozycję przedstawiającą opór przeciwko osmańskiej okupacji.
To opowieść o najstarszych rebeliantach i tworzonej przez nich zbrojnej organizacji oraz następstwach wielkiej reformy Imperium Osmańskiego, gry wybuchło powstanie w Kresnie.
W jego następstwie na krótki okres czasu Macedończycy wyswobodzili spod tureckiego jarzma czterdzieści wsi.

Kolejny rozdział obejmuje to powstawanie struktur Wewnętrznej Macedońskiej Organizacji Rewolucyjnej, której jednym z pierwszych sukcesów było proklamowanie niepodległej Republiki Kruszewskiej - przetrwała ona zaledwie 10 dni, ale miała ogromne znaczenie dla podniesienia morale narodu.

Czasy rewolucji i rządów Młodoturków, a co za tym idzie osłabienie tureckiej zwierzchności na Bałkanach, to kolejny ważny etap w kształtowaniu się macedońskiej samoświadomości.

Ostatnie ekspozycje przedstawiają działalność macedońskiego podziemia w okresie Wojen Bałkańskich i światowych.

Spora ekspozycja poświęcona jest operacji „Miecz teutoński”, w wyniku której Wewnętrzna Macedońska Organizacja Rewolucyjna przeprowadziła udany zamach na króla Jugosławii Aleksandra I Karadziordziewicza.

Ostatni rozdział opowiada o trwającej, aż do upadku Jugosławii, walce z komunistycznym reżimem. Ten etap zakończyło ogłoszenie Deklaracji Niepodległości w 1991 roku.
